Skip to main content

С чего начать стартап в биоинформатике?


В эту группу попадают стартапы, которые используют софт для диагностики и лечения болезней (речь идет не о биотеке, а об информационных технологиях). Как правило это неинвазивные методики. Например, проект neuralanalytics.com позволяет определять уровень внутричерепного давления на основе анализа массива данных о пациенте. Технологии помогут избежать дорогостоящих и опасных процедур: вместо операции достаточно просто поднести прибор к виску.
Всевозможные приложения для фитнеса уже наполнили рынок мобиьных приложений. Приложения, оценивающие состояние сна и помогающие проснуться в наиболее благоприятный момент, оценивать качество и калорийность, а также аллергенность потребляемой еды тоже уже не редкость. Все больше и больше людей отслеживают свою повседневную активность с помощью браслетов и кардиосенсоров — количество пройденных шагов, сожженых калорий, сердечного ритма, сна и уровня стресса.
Стартапы по быстрому реагированию и использованию устройств медицинской сигнализации, такие как американский проект Amulyte — выпускник летнего набора 2013 года акселератора Y Combinator или один из победителей конкурса стартапов Forbes 2012 года «Кнопка Жизни»  — лишь начало пути, на который встала индустрия. Но настоящую революцию произведет система,  объединяющая данные сенсоров и датчиков состояния организма с генетической информацией. Мобильные приложения дадут возможность влиять на физическое состояние, рекомендуя соответствующий образ жизни, предписывая определенный пищевой рацион, добавки и медикаменты.
Компания Oxford Nanopore Technologies представила миниатюрный определитель последовательности оснований в молекуле ДНК стоимостью менее $900. Устройство MinION выглядит совсем как обычная флэшка, но при этом умеет автоматически расшифровывать геном, работая от USB-порта вашего ноутбука.

MinION содержит в себе все элементы, необходимые для сканирования и расшифровки генома: микропотоковые системы, уникальный сенсор и специализированную электронику. Разработчики утверждают, что устройство может секвенировать простые геномы вирусов и бактерий за доли секунды — на более сложные геномы вроде человеческого ему, конечно, понадобится гораздо больше времени.

Как говорят создатели устройства, прибор работает с двухцепочечной ДНК, что подтверждается практикой: к примеру, во время его представления на конференции «Новое в генетической биологии и технологиях» во Флориде MinION смог легко секвенировать ДНК простого вируса Phi X, содержащего 5000 пар генетических оснований.
По утверждению Ника Ломана (Nick Loman), биоинформатика из исследовательской группы Университета Бирмингема в Великобритании, автора блога «Патогены: гены или геномы», Phi X стал первым когда-либо секвенированным ДНК-геномом. По его словам, успех в работе MinION с Phi X говорит о том, что в дальнейшем станет реальностью секвенирование с его помощью более сложных геномов, в том числе человеческого.
Помимо MinION, Oxford Nanopore работает также над созданием более мощной многоразовой лабораторной системы секвенирования — GridION. Обе используют одну технологию расшифровки генома, над которой группа биохимиков из Британии и США работала около 20 лет. ДНК добавляется в раствор, содержащий ферменты, связывающие концы каждой из молекулярных нитей. Когда через раствор пропускают ток, молекула ДНК с прикрепившимися к ней ферментами устремляется к мембране с тысячами ячеек, каждая всего около 10 мкм в диаметре.

Каждая ячейка — это специально модифицированная молекула альфа-гемолизина (AHL), которая имеет в своей структуре полую трубку шириной всего 10 нанометров. Когда ДНК попадает на мембрану, ферменты прикрепляются к альфа-гемолизину и начинают «распаковывать» ДНК, пропуская одну из цепочек нуклеотидов, образующих двойную спираль ДНК, через нанотрубку AHL. Измеряя ток, протекающий через каждую из нанотрубок, можно установить, какой из четырёх нуклеотидов проходит через неё в каждый момент времени.

У приборов такого типа есть несколько преимуществ перед традиционными. Во-первых, подготовка образцов для них не требует больших усилий, а значит, им не требуется предварительная амплификация ДНК-материала. Во-вторых, приборы могут секвенировать более чем 10000 ДНК-оснований одновременно, в то время как другим системам необходимо проводить предварительное разбиение материала на сотни оснований. За сутки один GridION способен выдать десятки гигабайт данных по последовательности оснований в изученных ДНК. По информации разработчиков, 20 таких машин в одной серверной стойке смогут декодировать весь геном одного человека всего за 15 минут.

Впрочем, Oxford Nanopore рискует столкнуться с достаточно серьёзной конкуренцией на рынке компактных ДНК-секвенсоров. Около года назад американская компания Life Technologies представила настольный персональный расшифровщик генома Personal Genome Machine, стоящий менее $100 тысяч. Принцип его работы отличается от технологии GridION, однако и в нём используется микрочип, сочетающий в себе электронику с химией. В январе 2012 года Life Technologies (дочерняя фирма Ion Torrent) показала свою новую модель дешифратора генома Ion Proton. Эта машина оценена уже в $150 тысяч, но зато чип-анализатор, скрывающийся внутри, в 1000 раз более мощный, чем прежний образец. Нужно сказать, что новый секвенсор ДНК — флэшка будет стоить заметно дешевле, менее $900.
В случае с расшифровщиком-флэшкой можно с уверенностью заявить, что технология декодирования ДНК находится на пороге того, чтобы прийти чуть ли не в каждый дом, подобно тому, как сейчас люди самостоятельно анализируют содержание сахара в крови.
Для иллюстрации тренда достаточно сказать, что информатику здоровья назвали новым мегатрендом Founders Fund Шона Паркера (создатель Napster и инвестор Facebook и PayPal) SV Angel Рона Конвея (инвестор Google и Twitter) и уже делают первые вложения в подобные проекты.


Американская биотехнологическая компания 23andMe уже запустила общенациональную рекламную кампанию на ТВ с проведением генетического ликбеза среди населения.

Основателем компании 23andMe является Анна Войжитски (Anne Wojcicki), жена Сергея Брина. Компания продает наборы для сбора образцов ДНК стоимостью всего $99, с бесплатными последующими генетическими тестами. Естественно, за эти деньги компания не осуществляет полную расшифровку генома, а всего лишь выделяет из слюны маркеры 40+ наследственных болезней и 240+ врожденных особенностей развития. Но даже такое еще совсем недавно считалась научной фантастикой.
В телевизионной рекламе 23andMe объясняет людям, как важно знать свои гены и насколько секвенирование ДНК помогает улучшить жизнь простого человека. Фирма собирается потратить на рекламу пять миллионов долларов.

По украинским законам, граждане не имеют права отсылать свой генетический материал за пределы Украины для анализа. Компания 23andMe не высылает приборы на российские и украинские адреса. При покупке нужно указать адрес за границей (например, в Беларуси), оттуда же отправлять образец своего ДНК, чтобы не нарушать закон.

Popular posts from this blog

Как найти заливщика на карту

Своего первого реального заливщика, который показал мне как можно скачать деньги в интернет с банковских счетов, я нашел случайно, когда еще трудился в Укртелекоме сменным инженером немного подрабатывая продавая трафик налево, но потом этот человек отошел от дел в связи со слишком уж скользкой ситуацией в данной сфере, и я решил поискать партнера на форумах, разместив рекламу на трёх электронных досках объявлений. Честно говоря поначалу даже был готов сразу закинуть 500 000 гривен в Гарант, но потом призадумался, а стоит ли?

Ко мне начал обращаться народ обращается разных категорий

1. Дебильная школота, которая что-то любит повтирать про свою серьезность и просит закинуть 10 000 USD им на Вебмани в качестве аванса 
2. Реальные мэны, которые льют сразу большую сумму по SWIFT без разговоров про гарантии и прочую шнягу, но после того, как им отдаёшь нал, они сразу пропадают, суть данных действий я так и не понял. зачем пропадать, если всё прошло гладко? 3. Мутные личности, берущие реквизиты …

Сналить деньги из банкомата можно набором кода

Каспер и его охотники за призраками в доспехах не так давно обнаружили изъян в защите банкоматов, с помощью которого дроповоды могут снимать крупные суммы денег вообще без карты.

Cлужбы безопасности некоторых крупных банков в странах Европы, Латинской Америки и Азии, в которых дроповоды уже пытались воспользоваться выявленным изъяном начали собственное внутреннее расследование.



Специалисты выяснили, что снять в банкомате наличные можно после введения некоторой комбинации цифр на панели, после чего неразводной дроп может за один подход к банкомату получить 40 банкнот. Кредитная или дебетовая карта при этом вообще не требуется.



Перед тем, как снять таким образом наличные, дроповоду требуется прогрузить в банкомат компьютерный вирус с загрузочного компакт-диска, для этого необходим доступ к внутренним компонентам банкомата. Как дроповодам удается получать этот доступ, специалисты банка пока ещё не пояснили.

Взломщик банкоматов "Тюпкин"

После установки троянской программы в банк…

Black Hat SEO или бот для скликивания контекстной рекламы

На днях мне стало интересно, а каким образом с точки зрения «черных» методов SEO могут быть использованы хакерские программы – например, путем генерации трафика для заинтересованных ресурсов или скликивания контекстной рекламы AdWords или Яндекс.Директ
Понятно, что увеличение числа посетителей на сайте интернет-магазина или компании, занимающейся недвижимостью, вероятнее всего положительно скажется на их доходах. Поэтому разработка подобного типа программ — вполне себе обыденное дело, и появились такие программы уже давно. По большей части таких ботов можно разделить на два класса — это различного рода Adware, которое распространяется вместе с популярными программами, или трояны, которые осуществляют более серьезную модификацию системы.  Win32/Patched.P Давай для начала рассмотрим достаточно экзотический, но от этого не менее интересный способ подмены результатов поиска в популярных поисковых сервисах Яндекс и Google, который был реализован в троянской программе Win32/Patched.P (ESET)…

Как работают реальные заливщики на карты

Вова Левин родился в 1967 году в типичной семье ленинградских интеллигентов: отец - инженер-конструктор на "почтовом ящике", мама - врач-психотерапевт. Володя был у них единственным и, по-видимому, избалованным ребенком. Но не надо думать, что талантливый хакер-самоучка с детства был вундеркиндом со всеми вытекающими отсюда комплексами. Напротив, он преуспевал не только в учебе, но и в спорте и заработал второй мужской разряд по фехтованию. В 24 года он оканчивает химфак Ленинградского технологического института и защищает диплом на тему "Молекулярно-биологический анализ эпидемических вирусов гриппа В, выделенных на территории СССР в 1991 году". 


Трудно поверить в эту фантастическую историю, когда сидишь перед допотопным 386-м "писюком" и набираешь этот текст, который вы сейчас читаете. Ведь с помощью точно такой же "Ай-Би-Эмки" (со слабеньким модемом) интеллигентный молодой человек по имени Володя Левин, не вставая со стула в грязноватой комнат…

Как делают заливы на карты и банковские счета

Примерно 1,1 млн человек пришлось поделиться с нальщиками из Новосибирска не только своим транзакционными данными, но и сведениями о номерах социального страхования, которые находились в распоряжении электронной платежной системы финансового провайдера RBS WorldPay, принадлежащей банку Royal Bank of Scotland.

Персональные данные почти 1,5 млн человек оказались оказались в распоряжении грамотного заливщика, который получил доступ к базе данных банковской системы, успешно проэксплуатировав SQL инъекцию клиентского Web портала Royal Bank of Scotland.

Однако в финале купленные на обналиченные деньги дорогие иномарки и недвижимость пришлось переоформить на незнакомых заливщику лиц, которые и помогли ему остаться на свободе.

В 2008 году жителю Новосибирска Алексею Аникину удалось получить доступ к базе данных RBS WorldPay. На основе полученных данных о TRACK2 и пин-кодов реальных банковских карт были изготовлены поддельные банковские карты, по которым в течение 12 часов в банкоматах по все…